水利建设基金应计入“税金及附加”科目进行核算。水利建设基金是专项用于水利建设的政府性基金，由中央水利建设基金和地方水利建设基金组成。中央水利建设基金主要用于关系国民经济和社会发展全局的大江大河重点工程的维护和建设，地方水利建设基金主要用于城市防洪及中小河流、湖泊的治理、维护和建设。
当企业计提水利建设基金时，会计分录如下：
借：税金及附加——水利建设基金
贷：应交税费——应交水利建设基金
当企业缴纳水利建设基金时，会计分录如下：
借：应交税费——应交水利建设基金
贷：银行存款
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