制度基础审计的主要内容有：
1、检查和评价会计控制制度、管理控制制度和内部审计制度的合理性、适应性与有效性；
2、确定经营活动及业务处理与方针政策、计划程序、手续要求的相符程度；
3、确定单位财务会计资料及其他经济资料的真实性、完整性与可靠性；
4、鉴定对各种资源获取、保护、使用控制的适当性；
5、检查和评价单位的管理业绩、经营效率和各部门完成本职工作的质量。
制度基础审计，是在重点审查内部控制制度各个控制环节的基础上，借以发现内部控制制度的薄弱之处，找出问题发生的根源，然后针对这些环节扩大检查范围，而对内部控制制度有效之处，则可缩小其检查范围，或简化其审计程序的一种审计方法。
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