1、使用发票不同，小规模纳税人销售只能使用普通发票，不能使用增值税专用发票，而一般纳税人可以用增值税普通发票和增值税专用发票。购买货物与一般纳税人相同，可以收普通发票也能收增值税专用发票，二者收取增值税专用发票后账务处理不同。一般纳税人按价款部分入成本，小规模纳税人则按全额进入成本。
2、应交税费的计算方法不同，一般纳税人按"抵扣制"计算税金，即按销项减进项后的余额交税。小规模纳税人按销售收入除于（1+适用税率）后的金额再乘税率计算应交税费，工业6%，商业4%（目前统一按3%征收率）。
3、税率不同，一般纳税人分为0税率、13%税率（目前降为9%）、17%税率（目前降为13%）、6%税率。小规模纳税人，按3%的征收率交税。
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