疫情期间企业职工的体检费根据费用所属的部门可以计入“管理费用”、“销售费用”或“制造费用”等会计科目中，具体会计处理是企业在确认体检费时可以借记“管理费用——福利费”等相关科目，贷记“应付职工薪酬——职工福利费”科目。企业在下发体检费款项时可以借记“应付职工薪酬——职工福利费”科目，贷记“银行存款”科目和“库存现金”科目。
其中根据《中华人民共和国增值税暂行条例》中第十条的内容规定，用于集体福利的项目其进项税额不得从销项税额中抵扣。
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