库存商品盘亏净损失应计入营业外支出科目。库存商品属于存货，属于自然灾害等非常原因造成的存货毁损，应先扣除处置收入（如残料价值）、可以收回的保险赔偿和过失人赔偿，将净损失计入营业外支出。
相关会计分录如下：
批准处理前：
借：待处理财产损溢
贷：库存商品等（盘亏金额）
应交税费——应交增值税（进项税额转出）（盘亏部分需要转出的进项税额）
批准处理后：
借：其他应收款（保险公司和过失人的赔偿）
管理费用（被盗、丢失等一般经营损失）
营业外支出——非常损失（意外灾害等非常损失）
贷：待处理财产损溢
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