疫情期间医社保减免会计分录为：
1、疫情期间企业支付减免的医社保时：
借：应付职工薪酬——社保费（单位部分）（实际缴纳的部分）
其他应付款——社保费（个人部分）（实际缴纳的部分）
贷：银行存款
2、企业计提减免的单位部分医社保时：
借：管理费用——社保费（单位部分）（根据费用所属部门计入相关科目）
贷：应付职工薪酬——社保费（单位部分）
3、企业发放工资时：
借：应付职工薪酬——应付职工工资
贷：其他应付款——社保费（个人部分）
银行存款
其中疫情期间所减免的医社保费按照实际征收的金额计提和处理，不作为政府补助的项目处理。
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