企业所得税和增值税纳税的区别主要体现在两者申报表所需填写数据的不同。缴纳企业所得税时纳税人申报所需填写的数据包括当期的营业收入、营业成本、不征税收入、弥补以前年度亏损等数据。而缴纳增值税时一般纳税人需要填列当期的销项税额、进项税额、进项税额转出、期末留抵税额等数据；小规模纳税人需要填列当期的应征增值税不含税销售额、免税销售额等数据。
同时一般纳税人增值税的申报期限通常为月度，而企业所得税的申报期限通常为季度，因此两者之间的纳税期限也会根据实际情况存在一定的区别。
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