运输合同印花税税率为万分之三（0.03%，2022年7月1日正式实施），目前运输合同印花税税率为万分之五（0.05%），运输合同的印花税以合同所列明的运输费用作为基准进行计算，运输合同指货运合同和多式联运合同（不包括管道运输合同）。
其中印花税指以经济活动和经济交往中，书立、领受应税凭证的行为为征税对象征收的一种税，其纳税义务人包括立合同人、立据人、立账簿人、领受人、使用人等。
运输合同印花税的纳税人为单位的，应当向其机构所在地的主管税务机关申报缴纳印花税；纳税人为个人的，应当向应税凭证书立地或者纳税人居住地的主管税务机关申报缴纳印花税。
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