申报个税密码跟税务密码的区别主要在于所服务的系统不同。申报个税密码用于“自然人电子税务局（扣缴端）”的登录，目的在于申报工资薪金个人所得税和生产经营所得项目的个人所得税。
税务密码用于“电子税务局”的登录，与“自然人电子税务局（扣缴端）”相比，“电子税务局”无法申报个人所得税。不过“电子税务局”能够申报企业的增值税、企业所得税、印花税，以及附加税等其他税项的税费，同时“电子税务局”还可以进行发票的申领、企业基本信息的修改等工作。
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