注册会计师选择函证方式前，应当分析不同函证方式对于提供审计证据的可靠性的区别，从而根据审计程序中的实际情况进行选择，一般包括积极的函证方式和消极的函证方式。
其中积极的函证方式要求被询证者在所有情况下都必须回函；而消极的函证方式则只要求被询证者仅在不同意询证函列示消息的情况下才予以回函。
除了单独选择外，注册会计师也可以根据审计过程中所遇到的实际情况，然后结合两种方式一并使用，如当应收账款的余额是由少量的大额应收账款和大量的小额应收账款构成时，可以对所有的或抽取的大额应收账款样本项目采用积极的函证方式，而对抽取的小额应收账款样本项目采用消极的函证方式。
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