公司代扣个人所得税税费时的注意事项主要在于“工资薪金所得”项目个人所得税的计算中，其计算公式为：应纳税额=（累计应纳税所得额×税率-速算扣除数）-累计减免税额-累计已预扣预缴的税额。累计应纳税所得额的计算方法为：累计应纳税所得额=累计收入-累计免税收入-累计减除费用-累计专项扣除-累计专项附加扣除-累计依法确定的其他扣除。
其中累计收入指截止至税费所属期末员工的全年累计收入额；累计专项扣除指截止至税费所属期末员工缴纳的社会保险费和公积金等累计金额；累计专项附加扣除指截止至税费所属期末员工所确认的子女教育、继续教育、大病医疗等项目的累计扣除金额；累计减除费用指截止至税费所属期末员工减除费用的累计数（5000乘以累计月份数）。
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