职工报销医药费根据不同的部门，计入相应的会计科目中。管理行政部门等发生的医药费，计入管理费用科目；业务部门发生的医药费，计入销售费用科目；生产部门等发生的医药费，计入制造费用科目。
企业应当在实际发生时根据实际发生额编制分录：
借：制造费用、管理费用、销售费用等
贷：应付职工薪酬——职工福利费
借：应付职工薪酬——职工福利费
贷：库存现金/银行存款
应付职工薪酬指企业为获得职工提供的服务或解除劳动关系而给予的各种形式的报酬或补偿。包括职工工资、奖金、津贴和补贴，职工福利费，医疗保险费、养老保险费、失业保险费、工伤保险费和生育保险费等社会保险费，住房公积金，工会经费和职工教育经费，带薪缺勤，利润分享计划，非货币性福利，辞退福利和其他为获得职工提供的服务而给予的报酬或补偿。其中，社会保险和住房公积金应包括单位和个人负担部分。
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