普通发票和增值税专用发票区别在于，增值税专用发票由基本联次和基本联次附加其他联次构成，其中基本联次包括3联：发票联、抵扣联、记账联；而普通发票基本联次为2联：发票联和记账联，没有抵扣联。
增值税专用发票除了同普通发票作为企业的收支凭证之外，还可以作为抵扣增值税的凭证，所以专用发票有抵扣联，作为进项税额抵减销项税。专票的使用主体主要是一般纳税人，一般纳税人取得专票可以抵扣增值税，小规模纳税人虽然也可以收专票，但是专票在小规模纳税人手中的作用和普票一样，因为小规模纳税人只能采用简易计税方法计算缴纳增值税（应纳税额=应税销售额×适用征收率），因此不存在进项抵税的作用。
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