疫情期间捐赠物资的税务处理如下：
借：营业外支出——捐赠
贷：库存商品
应交税费——应交增值税（销项税额）
只有通过政府部门（县级以上人民政府及其部门）、公益性社会团体（需要得到税务认可）进行的公益性捐赠，捐赠支出才能在企业所得税前扣除。企业捐赠后要索取相应的票据，作为日后捐赠支出在所得税前扣除的依据。合规的票据包括，省级以上（含省级）财政部门印制并加盖接受捐赠单位印章的公益性捐赠票据、加盖接受捐赠单位印章的收据联。
对于公益性捐赠，在年度利润（指会计利润）总额12%以内的部分，准予在计算应纳税所得额时扣除；超过年度利润总额12%的部分，准予结转以后三年内在计算应纳税所得额时扣除。
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