目前开展投资效益审计存在的困难包括：
1、审计机关开展工作缺乏明确的法律依据和有效的法律保障：尚未出台专门的法律、法规保证审计机关依法开展投资效益审计工作，审计法对审计机关开展投资效益审计的授权、审计报告的报送对象和法律地位等方面尚无明确规定。
2、审计人员的知识结构难以满足投资效益审计工作的要求：要求审计人员具有较高的知识层次，需具备宏观经济学、工程设计、工程预决算等相关知识，以及缜密的逻辑思维和良好的沟通能力等相关素质。
3、投资效益审计理论研究相对滞后，适合我国国情的投资效益审计理论科研成果尚不成熟：离形成具有自身特色的系统、完整的投资效益审计理论体系还有一定的差距。
4、缺乏统一的、公认的投资效益审计评价标准：还没有研究出一套操作性强的投资效益评价指标体系，缺乏比较成熟的、广为认可的专业指南。
5、信息资料失真加大了投资效益审计的难度：现阶段的投资效益审计还必须要与财政财务收支的合法、合规性审计相结合。
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