专项拨款审计的应用包括：
1、对被审计单位专用拨款项目的审查监督。
2、对被审计单位简易建筑资金项目的审查监督。
3、对被审计单位扶持生产周转金项目的审查监督。
其中专项拨款审计也称为专用拨款审计，指审计机关对财政部门或主管单位拨给企业的各项专用拨款内容的真实性、合理性及合规性所开展的审查监督工作，主要审查应由国家预算拨款解决的专项拨款各项目内容是否符合国家规定、审查专项拨款的使用范围是否符合规定以及审查专项拨款计划编制的依据是否合理等。
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