减免税审计应注意的问题有：
1、应进行必要的延伸审计。在实施减免税审计过程中，要参考税务部门提供的资料审核减免税档案、企业财务决算，必要时对重点企业进行延伸审计。
2、区分责任。在减免税审计过程中，对查出的违纪问题，一定要区分税务机关和企业各自应负的责任。税务机关在减免税上的违纪问题主要是越权减免和违规减免税，即虽在权限范围之内，但违反国家规定批准减免税。
3、要关注对外商企业的减免税。为了符合国际惯例，改善投资环境，防止国际避税，维护我国经济权益和企业利益，要注意对外资企业的减免税是否符合我国税法规定。
4、对税务部门做出准确的评价。通过审计应根据发现的问题，分析存在的原因，提出有价值的建议，同时，也应正确评价税务部门运用减免税这一经济杠杆，在扶持企业开辟财源、促进经济发展方面发挥的重要作用。
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