代发行证券款的审计包括审查单位代发行证券款的加计数据是否正确及与有关明细账、总账和报表的数据是否相符、审查单位代发行证券款的增减变动是否真实以及审查单位与委托单位签订的承销协议是否符合有关规定等。其中代发行证券款是证券公司接受委托，采用余额承购包销方式或代销方式代发行证券时所形成的应付证券资金。
在会计实务中，证券公司的代发行证券款可以按规定设置“代发行证券款”科目核算，并通过“银行存款”科目和“手续费及佣金收入——代发行证券手续费收入”科目进行相应的会计处理。
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