会计电子档案管理存在的问题及成因包括：
1、会计档案载体：由于电算化会计实施时间不长，财会人员和单位领导对其不甚了解，缺乏对应经验，没有进行档案载体的妥善保存，导致电子数据的损坏或丢失，影响会计档案的完整性；
2、缺乏必要的计算机维护、网络安全人才：电算化下的档案管理涉及到软件、系统安全、维护等一系列专业的问题，会计人员仅学会了操作，而不懂管理与维护；
3、一些会计人员仅将电算化看成自动运算做账的工具，而忽视了其他功能，缺乏对会计电算化档案管理的重视和业务指导，妨碍了电子文件、数据的归档；
4、会计档案管理制度不完善：没有制定相应的会计电算档案保管人员职责情况下，会计档案的人为破坏和自然损坏现象在所难免。
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