国库业务审计的主要内容包括：
1、对国库管理机构的审计：主要审查各级银行是否按规定设置四级国库、审查国库的人员配备数量是否充足等；
2、对国库业务会计处理的审计，主要审查国库业务是否按不同的预算层次分别设置会计科目、审查国库业务是否按规定设置预算外科目等；
3、对国库收纳的审计：主要审查国库是否准确且及时地对税款、利润及其他财政收入办理入库解缴手续；
4、对国库款支拨的审计：主要审查国库的经费拨款业务是否按财政机关填发的有效付款凭证进行办理；
5、对国库款退付的审计：主要审查国库的收入退库是否严格按照国家的退库范围和财政管理体制进行办理。
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