科目资金审计的方法有：
1、从预算科目编报入手，检查预算编制的完整、合规性。检查是否存在预算外资金，预算管理是否公平、公正、合理；
2、以项目申报资料为载体，检查程序的合规性。核实申报材料的真实性，是否存在审核把关不严等问题；
3、以专项资金为主线，注重财政资金使用的效益性。核实有无挪用资金的情况，是否有因决策不当而造成的资金浪费；
4、计算机辅助分析，掌握资金的使用情况。开展信息系统审计，核对多方数据，审查是否有骗取财政资金等问题。
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