事业单位绩效审计的原则具体如下：
1、以社会效益为主。事业单位的效益主要体现在其业务活动成果被社会所承认接受；
2、短期效益与长期效益相统一。评价被审计单位的经济效益不能局限于短期、局部的经济效益，还应当密切关注前后年度之间存在的联系；
3、质量审计与数量审计兼顾。不仅要注意行政事业单位工作成果在数量上的变化，更要考察所产生的经济效益和社会效果；
4、微观效益与宏观效益相结合。既要考核被审计单位一定期间内取得的工作效果，又要评价其对社会产生的积极影响；
5、间接性。事业单位的绩效要通过享受劳务或精神产品的人或单位才能体现出来，因此审计时应考虑到间接性原则。
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