专项资金审计的方法包括：
1、顺藤摸瓜法，即通过对资金的运动轨迹跟踪并追查资金的最终用途。
2、调查法，即审计人员通过专业判断对单位所存在的虚假发票采取延伸调查的方法予以核实。
3、银行存款核对法，即对单位的银行发生额以及异常的款项进行延伸核实。
4、分析性复核法，即对单位重要的比率或趋势进行分析。
专项资金审计是审计机关对被审计单位专项资金收支的真实性、合法性和效益性所开展的审查监督活动，其中专项资金审计只对被审计单位某项资金的收支活动进行审查，一般不需要涉及被审计单位的其他财政财务收支活动。
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