会计信息化审计所面临的问题包括：
1、审计线索具有隐蔽性。业务数据进入计算机系统后，由计算机按程序自动生成会计报表，即使篡改也不会留有痕迹，容易诱发经济犯罪；
2、会计软件缺乏权威的可审计认证。审计人员对内部控制制度和数据文件审计的同时，很难对应用系统及软件的开发进行审计；
3、审计人员的素质还不能完全达到要求。审计人员除需具备一般审计所需的知识外，还应具备一定的计算机知识，对会计电算化系统有一定的了解，然而在实践中，大部分审计人员没有达到以上要求。
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