会计信息化审计的主要内容及方法有：
1、审计线索的追踪审查。交易的无纸化让审计人员很难追踪审计线索，因此需要在系统内建立日志和追踪文件，注意备份；
2、审查会计信息系统的安全性。电子形式的会计信息容易丢失损坏，因此要定期做安全测试；
3、审查会计信息系统的内部控制。由于会计系统的复杂性，内控范围也扩大了，因此要注意审查备份和权限制度等；
4、审查会计信息系统的应用程序。注意程序处理过程是否符合有关法规，注意考核程序对错误的检验和控制情况；
5、充分利用网络进行辅助审计。比如利用视频会议系统进行取证等。
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