1、企业购入免税农产品并取得增值税专用发票时，会计分录为：
借：原材料（或库存商品等科目）
应交税费——应交增值税（进项税额）
贷：应付账款——公司名称
2、企业支付免税农产品的款项，会计分录为：
借：应付账款——公司名称
贷：银行存款
企业购入免税农产品，其进项税额可以进行抵扣，涉及的进项税额应通过“应交税费——应交增值税（进项税额）”科目进行核算。
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