税务局代开发票业务计入的科目包括库存商品、银行存款、应交税费、管理费用等。企业收到对方寄来的税务局代开发票时，需要根据发票的内容进行相应会计处理。若企业收到代开发票的内容为购买商品和材料时，可以借记“库存商品”科目或“原材料”科目，以及借记“应交税费——应交增值税（进项税额）”科目，然后贷记“银行存款”科目或“库存现金”科目。若企业收到代开发票的内容为购买服务时，可以借记“管理费用”科目或“销售费用”等科目，然后贷记“银行存款”科目或“库存现金”科目。
若企业通过税务局代开发票时，则应当借记“应收账款”科目，然后贷记“主营业务收入”科目和“其他业务收入”科目，以及贷记“应交税费——应交增值税（销项税额）”。
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