财务审计制度和财务制度有以下区别：
1、两者的概念不同。财务审计制度，是应用科学方法对会计人员所做会计记录进行系统审核，通过查明部门、单位或企业的经营或财务状况，从而提出审计报告，作出客观公正评价的制度；财务制度，指在会计核算时应当遵循的具体原则以及采纳的具体会计处理方法的规范性文件，对财务活动进行管理的规范性文件的总称。
2、两者的功能不同。财务审计制度是在一个完整的财务行政管理体系，一般包括预算、会计、决算和审计4个环节，审计作为最后一个重要的环节，对财务收支起审查稽核的作用；财务制度一般应当包括资金管理制度、成本管理制度、利润管理制度。其资金、成本、利润之间相互联系，是财务活动的一项重要制度。
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