小规模企业企业所得税的计算可以分为查账征收方式下的计算和核定征收方式下的计算。
在查账征收方式下企业所得税的计算方法为：应纳税额=应纳税所得额×适用税率-减免税额-抵免税额。应纳税所得额的计算公式为：应纳税所得额=收入总额-不征税收入-免税收入-各项扣除金额-允许弥补的以前年度亏损。
在核定征收（核定应税所得率）方式下企业所得税的计算方法为：应纳税额=收入总额×核定的应税所得率。
若小规模企业满足小型微利企业的确认条件时，则可以在应纳税额计算的过程中享有相应的优惠税率和应纳税所得额的减免。对小型微利企业年应纳税所得额不超过100万元的部分，减按12.5%计入应纳税所得额，按20%的税率缴纳企业所得税；对小型微利企业年应纳税所得额超过100万元但不超过300万元的部分，减按25%计入应纳税所得额，按20%的税率缴纳企业所得税。
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