税务自查补缴增值税时，计入应交税费科目核算。企业应当借记“应交税费——未交增值税”科目，贷记“银行存款”科目。其中“应交税费”科目用于核算企业按照税法等规定计算应缴纳的各种税费，包括增值税、消费税、所得税、资源税、土地增值税、城市维护建设税、房产税、土地使用税、车船使用税、教育费附加。对于企业代扣代交的个人所得税等税费，也可以通过“应交税费”科目核算。
同时对于补缴以前年度增值税时所发生的滞纳金，企业还需要通过“营业外支出”等相关科目进行处理。
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