公司非公开发行股票，根据规定，新增的股本和资本公积（发行溢价部分）按照“营业资金账簿”，适用税率万分之五，减半征收即万分之二点五缴纳印花税，计税金额应该是实际募集的资金金额。
根据《国家税务总局关于资金账簿印花税问题的通知》（国税发〔1994〕25号）第一条规定，生产经营单位执行“两则”后，其“记载资金的账簿”的印花税计税依据改为“实收资本”与“资本公积”两项的合计金额。第二条规定，企业执行“两则”启用新账簿后，其“实收资本”和“资本公积”两项的合计金额大于原已贴花资金的，就增加的部分补贴印花。
又根据《财政部税务总局关于对营业账簿减免印花税的通知》（财税〔2018〕50号），自2018年5月1日起，对按万分之五税率贴花的资金账簿减半征收印花税，对按件贴花五元的其他账簿免征印花税。
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